香格里拉縣文物管理所是香格里拉縣文化體育廣電局的下屬事業(yè)性文物保護機構。該管理所于1994年6月成立，事業(yè)管理人員編制2名，現(xiàn)有館員中職1名、助理館員1名。

文管所的職責是主要負責全縣的文物、博物事業(yè)的綜合管理，指導《中華人民共和國文物保護法》等法律、法規(guī)、規(guī)章和文物工作方針、政策在全縣的貫徹執(zhí)行；組織推薦全國重點文物保護單位、省級文物保護單位，組織審核縣級文物保護單位；配合有關部門申報歷史文化名城（村、鎮(zhèn)、街區(qū)）、世界文化遺產(chǎn)；組織開展各級文物保護單位的保護、維修和“四有”工作；組織實施文化遺產(chǎn)調查和考古發(fā)掘工作；組織文物鑒定工作根據(jù)上級主管部門的有關規(guī)定，擬定全縣文物、博物館事業(yè)發(fā)展規(guī)劃，協(xié)助有關部門管理文物市場；承辦縣文體局交辦的其它事項。

2005年2月，州人民政府決定在全州范圍內開展為期一年的文物普查工作。香格里拉縣文體局、文管所根據(jù)全縣實際配合州文管所、博物館組織參與這次普查工作，對全縣境內文物保護單位進行細致調查，普查工作取得了一批令人驚喜的成果。

2005年7月底至8月底，對獨克宗古城的傳統(tǒng)民居進行了全面調查，最后確定了49棟具有保護價值的民居，作為“重點保護民居”推薦給香格里縣人民政府和獨克宗古城管委會公布并掛牌保護。通過普查，基本摸清了獨克宗古城1949年前老民居的建筑物點和建筑樣式。

2005年9月底，開始對香格里拉縣城區(qū)周圍進行普查，對縣城周圍的文物線索作了詳細調查。2006年2月開展為期一個月的金沙江巖畫調查，對洛吉、渣日、車軸等地的巖畫遺存進行詳細的調查，新發(fā)現(xiàn)了12處巖畫地點，使全州境內的巖畫點增加到23處。

第三次全國文物普查以來，香格里拉縣共有國家級重點文物保護單位1項，省級文物保護單位5項，州級文物保護單位9項，縣級文物保護單位25項。