一度關(guān)系緊張的馬英九和王金平在吳伯雄的調(diào)解下也冰釋前嫌，吳伯雄曾表示，有人質(zhì)疑他個(gè)性太溫和，投入佛教后，連吵架都不會(huì)吵。但是菩薩也有金剛之怒，如果有人對(duì)國(guó)民黨進(jìn)行“清算斗爭(zhēng)”，他會(huì)強(qiáng)勢(shì)反應(yīng)，并強(qiáng)勢(shì)要求大家團(tuán)結(jié)。

　　2007年2月，時(shí)任國(guó)民黨代理主席吳伯雄邀請(qǐng)馬英九及王金平會(huì)面聚餐，王、馬在吳伯雄要求下喝交杯酒。吳伯雄則開玩笑說(shuō)，喝完交杯酒后，就準(zhǔn)備進(jìn)“洞房”了，希望兩人絕對(duì)要合作團(tuán)結(jié)。

吳伯雄一直非常支持馬英九。

　　吳伯雄2007年3月參選國(guó)民黨主席時(shí)指出，如果他當(dāng)選主席，愿意在四月底以黨主席身份，陪國(guó)民黨榮譽(yù)主席連戰(zhàn)出訪大陸。他認(rèn)為，這幾年來(lái)，國(guó)民黨“不是輸在人家強(qiáng)，而是輸在自己不團(tuán)結(jié)”，他繼任黨主席是為了完成馬英九未做完的任期，并延續(xù)馬的目標(biāo)，而他知道，這個(gè)目標(biāo)“就是贏回政權(quán)！”他意有所指地說(shuō)，每個(gè)人都喜歡“坐轎子”，但“抬轎”其實(shí)也有成就感，如果能推出2008的勝選組合，“死而無(wú)憾”，并強(qiáng)調(diào)他對(duì)國(guó)民黨“一片忠誠(chéng)、日久見(jiàn)人心”。