斑頭秋沙鴨棲息于湖泊、河流、池塘、濕地等，多集群活動，也會與其它水鳥混群。喜歡在平靜的湖面上旅游、覓食，通常一邊游泳一邊頻頻潛水取食。善潛水，但潛水深度和每次潛水的時間長短不及其它秋沙鴨。飛行快而直，兩翅煽動較快，發(fā)出清晰的振翅聲。起飛時顯得笨拙，需要兩翅在水面急速拍打和在水面助跑一段距離才起飛。屬雜食性，食物包括小型魚類、甲殼類、貝類、水生昆蟲、石蠶等無脊椎動物，偶爾也吃少量植物性食物，如水草、種子、樹葉等。斑頭秋沙鴨于每年5月開始繁殖，營巢于樹孔上或崖壁、巖棚、河邊喬木洞內(nèi)，每窩產(chǎn)卵6—9枚，多的達(dá)到14枚。雌鳥孵卵，孵卵初期雄鳥守候在巢附近，以后離開雌鳥獨自去換羽。

斑頭秋沙鴨已列入《世界自然保護聯(lián)盟瀕危物種紅色名錄》(IUCN)2012年ver3.1—無危（LC）。2021年，中國新增斑頭秋沙鴨為國家重點保護野生動物，保護級別二級。